媒體報導，具大陸官方背景的「清華海峽研究院」，未經許可在國立清華大學內設立「清華海峽研究院新竹辦公室」，從事技術研發、攬才、投資等業務。教育部回應，此舉已經違反《兩岸人民關係條例》，教育部發文要求立即停止使用並撤離，即日起終止租約。
清華大學今天(8日）指出，「清華海峽研究院」是部分校友成立的服務校友推廣教育及創業機構，是向財團法人自強工業科學基金會轉租在學校的空間做為辦公室。清大表示，這個機構不屬於清華大學，校方也沒有參與其中運作。
清大下午發布新聞稿表示，教育部發文要求清華海峽研究院立即停止使用並即刻撤離。自強基金會董事長盧崑瑞表示，由於新冠肺炎疫情的關係，據他所知，清華海峽研究院已有相當長一段時間沒有運作。有鑒於租用單位適法疑慮，基金會將從即日起中止和他們的租約。
教育部表示，由於陸委會認為「清華海峽研究院」違反兩岸人民關係條例第40條之2「未經主管機關許可、不得在台設立辦事處或分支機構，從事業務活動」的規定，教育部最終將以違反條例40條之2進行裁罰，可處50萬元以下罰鍰，並得限期命令停止。
